Tujuan dari didirikan adalah Program Pendidikan Profesi Apoteker UMM adalah:

• Menghasilkan lulusan apoteker yang memiliki kompetensi untuk menjalankan praktik kefarmasian berdasarkan nilai-nilai Islam.
• Menghasilkan lulusan apoteker yang mampu mengaplikasikan hasil penelitian, guna menunjang praktik kefarmasian berdasarkan nilai-nilai Islam.
• Menghasilkan lulusan apoteker yang mampu menjalankan praktik kefarmasian secara berkesinambungan dalam keluarga dan masyarakat sehingga dapat meningkatkan kualitas hidup masyarakat.
• Terwujudnya kerjasama dengan wahana praktik, organisasi profesi, atau kelompok masyarakat dalam lingkup nasional dan internasional