Program Studi Pendidikan Profesi Apoteker merupakan program pendidikan lanjut bagi para sarjana farmasi yang telah menyelesaikan jenjang akademik sebagai upaya meningkatkan kualitas pendidikan di bidang kefarmasian dan mempersiapkan mahasiswa untuk memiliki pekerjaan dengan persyaratan keahlian khusus. Mahasiswa yang telah menyelesaikan Program Studi Pendidikan Profesi Apoteker akan mendapatkan gelar “Apoteker”.

Pada tahun 2013, berdasarkan Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No.097/SK/BAN-PT/Ak-XV/S/II/2013, Program Studi Farmasi FIKES UMM telah terakreditasi B. Keberlanjutan dari Program Strata 1 Farmasi adalah Program Studi Pendidikan Profesi Apoteker yang bertujuan mempersiapkan lulusannya untuk memiliki kompetensi untuk menjalankan praktik profesi kefarmasian berdasarkan pengembangan IPTEK yang berdasarkan nilai-nilai Islam, kreatiif, inovatif dan berfikir kritis. Program Studi Pendidikan Profesi Apoteker UMM mendapatkan izin program studi sesuai dengan SK Menteri Riset, Teknologi, dan Perguruan Tinggi dengan no. 446/KPT/I/2016. Program ini telah terakreditasi B sesuai dengan SK akreditasi LAM-PTKes no. 0517/LAM.PTKes/Akr/Pro/VII/2018